武汉市植物区系属中亚热带常绿阔叶林向北亚热带落叶阔叶林过渡的地带。据不完全统计，全市的蕨类和种子植物有106科、607属、1066种，兼具南方和北方植物区系成份。常绿阔叶林和落叶阔叶林组成的混交林是全市典型的植被类型。主要树种，长江、汉江以南以樟树、楠竹、杉木、油茶叶茶、女贞、柑橘为代表，长江、汉江以北以马尾松、水杉、法桐、落羽松、栎、柿、栗等为主。

武汉市动物资源种类繁多，有畜禽、水产渔类、药用、毛皮羽用、农林害虫及天敌、野生动物等动物资源。畜禽动物主要有猪、牛、鸡等10余种、70多个品种。鱼类资源有11目、22科、88种，主要经济鱼类有草、青、鲢等20余种。“武昌鱼”（团头鲂）是经济名贵鱼种，在国际市场上享有较高的声誉。水禽有雁、鹳、鹈等8目、14科、54种。其中，白鹳是国家一类保护动物。特种水生物有白鳍豚、江豚等，白鳍豚是国家一类保护动物，江豚是国家二级保护动物。

武汉市江河纵横，河港沟渠交织，湖泊库塘星布，滠水、府河、倒水、举水、金水、东荆河等从市区两侧汇入长江，形成以长江为干流的庞大水网，水资源丰富。水域总面积达2217.6平方千米，占全市土地面积的26.1%。市域内5千米以上的河流有165条。有湖泊166个，其中，城区内有湖泊43个。有各类水库277座，其中，大型水库3座，中型水库6座，总容量9.25亿立方米。共有塘堰8.51万口，蓄水能力3.3亿立方米。全市水能资源理论蕴藏量2万千瓦。

全市已发现矿产33种，矿点154处，潜在经济价值8400多亿元。其中，冶金辅料和建筑材料储量最大，拥有全国最大的熔剂石灰石、白云岩、石英砂岩基地，膨润土矿储量1.18多亿吨，居全国第一位。优质矿泉水、热泉已发现8处。

此外，还发现金矿点11处，铜矿点9处，锰矿、磷矿点各2处，并有5处发现石油、天然气的“油气显示”。